今日は VOCALOID6 の問い合わせの返事が来たので雑記にします。
簡単にいうと指示通りの手順を実行するとボイスが消えてしまうようになっていた、つまり問題は再現性があったようです。回避するのは簡単で、手順は2ステップあるのですが、2つ目の手順は実行しなくてok、とのことです。
実行しなくていいと言われても既に実行しているので、一体どうするのだという話なんですが、消えてしまったボイスバンクを再インストールすれば解決ということでした。これはこちらで勝手にやった手順と一致するので、連絡前に偶然自力で解決してしまったようです。
昔は「すぐにインストールしない」という習慣が身に付いていたのですが、最近は少し油断しがちです。